Das frühchristliche Museum beherbergt eine interessante archäologische Ausgrabungsstätte, die eine museale Struktur einverleibt wurde, worin auch sein besonderer didaktischer Wert liegt. Es besteht aus zwei Stockwerken und ermöglicht zum einen die Betrachtung der Kunstschätze aus der Nähe und zum anderen als Gesamtansicht aus der Höhe.
Das Museum ist auf den Resten einer antiken frühchristlichen Basilika errichtet und zeigt deren Bodenmosaik in situ, ebenso wie die eleganten Mosaikreste einer zweiten Basilika, die heute nicht mehr erhalten ist. Anhand der Mosaike des frühchristlichen Museums lassen sich die intensiven Beziehungen Aquileias mit dem restlichen Mittelmeerraum, insbesondere mit Nordafrika und dem Orient ablesen. Auch die wertvolle Sammlung von Grabstelen weist auf die vielschichtige Gesellschaftsform des damaligen Aquileia (4.-5. Jh. n.Chr.) hin. Die Außenmauern und anderen Gebäudereste sind Zeugen der langen und komplexen Geschichte des Bauwerks, das zuerst eine frühchristliche Basilika, dann die Kirche eines Benediktinernonnenklosters und schließlich ein Privathaus war, um später als Keller und Lagerraum für landwirtschaftliche Erzeugnisse genutzt zu werden, bis es zum Museum wurde.
